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為促進離島地區的開發，立法院於2000年通過離島建設條例，規定政府設置十年三百億元經費的離島建設基金。離島建設條例的原先構想係以博弈權利金為經費來源，但在博弈條款遭封殺後，建設經費乃改由各部會撥補。因此自2001年開始，經建會即每年編列約三十億元，以供補助離島地區進行產業、教育、交通、與觀光等各項建設。補助經費的分配，係由各縣市政府提出計畫，送交中央目的事業主管機關審核。為順利消化預算，縣市政府提出的計畫多屬公共設施的興建或擴充等類型。因此五年來離島各地瘋狂地投入港口擴建、公路拓寬等硬體建設。
盲目的硬體建設已導致離島的嚴重水泥化。以蘭嶼為例，目前島上到處都可看到水泥工事。現代化的建物取代了具有特色的達悟族地底屋，公路的拓寬毀掉了海景。興建中的朗島漁港不但破壞海灣景觀，且和原有的拼板舟文化極不相配；幸而在民眾的反彈下，其第三期擴建工程已經中止。此外，因工事糾紛而停工的天池觀光步道，其開挖作業已造成一逢大雨即帶來土石流的後遺症。
其它離島的生態環境亦都因不當的硬體建設而受到或多或少的傷害。金門有許多街道的柏油路面被挖掉，改鋪花崗石，不僅浪費資源，而且導致路面不能透水。金門水頭商港的興建已對當地的海岸生態產生負面衝擊。馬祖南竿鄉北面海岸則因福澳國內商港、珠山電廠、和后澳水庫的興建而被破壞殆盡。澎湖亦將離島建設基金大量用於漁港與遊憩設施等硬體建設。綠島的環島公路因未設計動物過道，導致陸蟹、寄居蟹、蜥蜴、蛙類、椰子蟹等動物於出外覓食或跨越道路前往海邊產卵時慘遭機車輾斃。
從上述結果來看，一味注重硬體建設而忽略自然生態的錯誤政策業已導致環境、生態的嚴重破壞。五年來離島建設基金的執行結果竟完全背離了促進離島永續發展的立法意旨！這種既浪費經費、又破壞生態的硬體建設政策若不立即加以修正，則離島脆弱的自然環境必將被摧殘到無法回復的慘狀。
值得欣慰的是，國內的環保團體已開始發聲。為導正今後離島的開發方向，金門縣碉堡文化協會（烏坵）、金門縣愛鄉聯盟、馬祖清水社區發展協會、澎湖縣環境保護協會，綠島生態文化協會、蘭嶼山海文化保育協會、以及台灣環保聯盟等七個團體於今年年初共同組成離島生態環境保護聯盟。聯盟甫成立時即呼籲，各級政府離島建設委員會都應加入聯盟，政府相關承辦人員每年應接受十小時的環境教育，地方及中央政府單位在著手離島建設工程規畫時應先進行諮詢。
在環保團體的壓力下，經建會已決定改變離島建設經費的撥用方式，未來補助硬體建設的經費將予大幅降低
。在2006年度的三十億離島建設基金預算中，二十點五億元將列為投資、融資等具收益性的項目，以鼓勵發展觀光產業，使基金能循環利用；至於非收益性質的硬體建設經費則將刪減為九點五億元。此外，經建會將全面檢討尚在執行中的延續性硬體建設計畫，若有不符永續發展者，將予以改善或中止；例如朗島漁港已全面停工。綠島與蘭嶼等過度開發的離島則將依其環境承載力採取開發降溫及環境保全對策。
為避免離島港灣及海岸生態繼續遭到傷害，農業委員會漁業署已原則決定全面停止新港灣開發，舊有港灣則以淤泥清除、堤岸保護、和漁業設施維護為主。至於備受質疑的綠島人工魚礁投放工程，漁業署亦已同意暫時停止；待審慎檢討海岸保護政策後再決定是否繼續投放。
獨特的自然與人文資源是離島發展觀光產業的優越條件。但這兩類資源都非常脆弱，若不用心加以維護，反而將它大肆破壞，就等於毀掉離島的未來。因此，在發展觀光產業的同時，特別需要納入環保的考量，期能降低觀光人潮可能帶來的環境衝擊。旅遊環境的最佳設計原則是：了解自然，順應自然，然後進一步運用智慧與經驗對自然環境進行適度的補強；任何違反自然法則的旅遊環境設計必會遭到大自然的反撲。交通、能源、與水資源是發展觀光產業必須面對的三大挑戰。目前的科技已能針對這三個難題提供符合綠色旅遊標準的解決方案。例如，電動車輛和自行車兩種零污染交通工具已在許多國家的觀光地區使用；太陽能與風力是偏遠地區常用來發電的可再生能源；雨水的收集、水的再利用、以及海水的淡化等技術的應用已能解決缺水地區的供水問題；至於廢水處理設施則是現代化國家的基礎建設之一。雖然這些解決方案的成本可能會稍為高些，但從長期的效益來看，這些投資必能值回成本。寄望政府相關單位、離島居民、以及環保團體能共同努力，以期達成離島地區永續發展的願景。
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